“瑟蕾娜！卡咪龟！久等了！我回来了！”小智跑出洞穴，看到了瑟蕾娜，打了招呼。
“小智！你看！我刚刚救了一只伊布！”瑟蕾娜抱起了一只伊布，朝着小智说道。
“啥！这只伊布是不是会变化成它进化后的样子！”小智不确定地问道。
“啊？你怎么知道！”瑟蕾娜惊讶地问道。
“火箭队他们就是要抓急冻鸟和这只伊布啊。这只伊布是从他们的实验室逃出来的。不过我们既然得到了！那么就别想让火箭队带走了！”小智笑道。
“那它怎么办呢？”瑟蕾娜指了指趴在她肩上的伊布（因为怀里抱着波克比。）。
“它就交给你了！”小智说着抱过波克比，给瑟蕾娜腾出空间收服伊布。
“那个，伊布，你愿意跟我走吗？”瑟蕾娜试探性地拿出一个神奇宝贝球。
“布伊！”伊布笑着点了点头，碰了一下宝贝球，收服了。
“好了，我们回去吧！”
红莲岛。。。。。。。。。
“什么！任务失败了！比夏斯你怎么搞的，亏你还是最高干部呢！”一处地底，阿波罗和兰姆达还有雅典娜都在，嘲讽比夏斯的自然是兰姆达。
“切！要不是我大意了！怎么可能会败！”比夏斯怒气冲冲地说道。就在刚刚小智离开后，渡打算把他抓走，结果半路被比夏斯逃了，不然比夏斯怎么能站在这里。
小智这边。。。。。。。
“小智！你们回来了！双子岛的战况怎么样了？”夏伯见小智他们回来了，问道。
“火箭队的最高干部，黑暗球，渡，还有实验。”小智简单地说了这些，只看见夏伯的脸色微变。
在夏伯这边休息了一会后，小智和瑟蕾娜踏上了回去的旅途。经过了剧情中水箭龟的岛屿，唤醒了水箭龟，打了一架，卡咪龟险胜。而后，离开水箭龟的岛屿后，小智和瑟蕾娜穿过了华蓝洞穴，到了华蓝市，看望了一下小霞，顺便看了场水上芭蕾。
离开华蓝市后，小智和瑟蕾娜打算从月见山回到常磐市，经历了皮皮的调皮行为，见证了它们和李科一起上天，啊呸，是追寻梦。
通过月见山，小智和瑟蕾娜到达了尼比市。看望了小刚和他的父亲，问候了一下，又踏上了路途。
“啊！终于回到常磐市了！”小智和瑟蕾娜用了一天的时间通过常盘森林，为什么用一天，因为小智在里面训练了一下午神奇宝贝。
“对了！小智！你不是要挑战常磐道馆吗？”瑟蕾娜问道。
“对啊！我们赶紧走吧！”小智说道。
常磐道馆。。。。。。，
“哟！这不是小智嘛！怎么！来挑战常磐道馆？”小智刚走到门口，就听见小茂贱兮兮的声音从后面传来。（为啥总是后面，我也不知道。）
“哟！这不是小茂嘛！怎么！来挑战常磐道馆？”小智同样把话还了回去，脸上还带着贱兮兮的笑容。
“走开走开，我先进去！”小茂不理会小智，直接推开他，走了过去，和门口的守卫说了一下后就进去了。
没多久，只听见“轰”的一声。然后只听见守卫说：“好了！结束了！你可以进去了。”
“哦！瑟蕾娜，你在外面等我好了。”小智说了一声，然后就走了进去。
“小茂，没事吧！”小智看见了倒在地上的小茂，扶起了他，问道。
“这只神奇宝贝太强大了！我不是对手！先撤了！”小茂说着一瘸一拐地走了出去。
“哦？又是一个挑战者？”坂木从黑暗中走了出来，说道。
“对啊！我是来挑战常磐道馆的！”
“好！这是我的第一。。。”就在坂木打算放出神奇宝贝的时候，一个手下过来，在他的耳边说了几句话，就看见坂木把宝贝球换了遥控器。“你要是能打败它，就算你赢！”坂木按下了遥控器，下方的拉闸门打开，露出了一只浑身盔甲的神奇宝贝。“给我打败他！”坂木说完后就匆匆离开了。
“梦！”小智说道。
“人类！你是谁！你怎么那些人类对我的称呼！”梦用能力传音。
“我不仅知道你叫梦，我还知道，你在寻找存在的意义！”
“存在的意义！对！我为什么而存在！我是谁！”梦的情绪十分不稳定。
“冷静冷静，梦，我建议你先去看看这个世界，你现在被火箭队这个邪恶的组织束缚了你的眼光！只有你出去见识一下这个世界！总会有好的事物！而且你还可以找到你存在的真正意义。而不是在这里给火箭队当利用工具。”小智苦口婆心地劝说道，有一瞬间小智觉得自己简直就是一个心理咨询师，专治疑难杂症。
“好！我就信你一回！不过这里怎么办？他要是现我走了会怎么处置你。”不得不说，梦还是有点人性的。
“放心！交给我了！化石翼龙！对着顶部用破坏死光！”小智给了一个放心的手势，放出了化石翼龙，对着顶部轰炸，而梦也褪下了浑身的盔甲，从洞口飞了出去。
“怎么了？”就在梦飞出去后，坂木好像听到声音，赶了过来。
“那个！大叔！你的那只神奇宝贝是怎么回事啊！刚开打就跑了，这叫什么事啊！”小智装作什么也不知道的样子，一本正经地胡说八道，这演技，可以去拿小金人了。
“怎么让它跑了！好了！就算你挑战成功了，这是绿色徽章！拿去吧！”坂木眉头一皱，扔过去一块绿