那血腥的一夜，发生在人类、吸血鬼、狼人之间三方混战的动乱早已结束了，但动乱带来的后续影响，却如同癌症一样，持续这具名为“中央教庭”、看似健壮的躯壳里扩散。
圣城“神喻之城”，早已失去了往日的兴盛和繁华。并不仅仅是战乱造成的。以中央教庭的财力，要重建毁于战火之中的城市易如反掌，但是重拾丧失的民心，却不是一朝一夕的事。
中央教庭秘密复活狼人的计划，还有真理会这个组织在教庭的鼻子下发展壮大，这两件惊天大丑闻，令神圣的教庭在民众眼中不再像以往那么高洁、权威，教庭的威信一落千丈，向心力渐渐流失。
教皇自治领是一个以移民为主的政体，其治下的子民，大部分都是来自于五湖四海的世俗群众，他们出于对信仰的虔诚和对神权的朝拜，不远千里从自己的祖国迁到教皇自治领，以自己能最接近神而自豪；但是当光环褪去之后，曾经的光荣感也荡然无存。人民对于去留问题的考虑，更多是以自己的利益优先。
如果中央教庭能够在圣城之乱后采取措施，迅速稳定局势、恢复秩序的话，那么现在的“神喻之城”仍然是一座繁华、神圣的城市。
然而，由于教皇在动乱中圣殡，枢机院成为了群龙无首的中央教庭的实际掌权者，至少在教庭的核心世界掌握着实权，不知道是否出于长期掌权的目的，如今4个多月过去了，枢机院却迟迟没有选举起新一任的教皇，因此在法理上枢机院统治的正当性受到质疑，教庭逐渐分崩离析，地方教会各自为政。
此外，枢机院内部也并非铁板一块。主管枢机院的四位枢机主教，除了“圣火”赫拉贝诺在那场战乱中身亡之外，其他三人均势均力敌，因此枢机院处于相对的“团结”之中。但光靠表面上的实力来维持平衡是不够的，因为实力总有此消彼长的时候，一旦实力对比发生改变，平衡就会被打败。出于更长远的考虑，三位枢机主教达成了一致的共识：他们需要一个共同的强大敌人。
教皇在临死之前发出神喻，将真理会的存在以及其隐藏于中央教庭内部的事实公诸于世；因此这个共同的敌人不言而喻。以铲除隐藏在教庭内部的真理会为名，枢机院成立了一个临时侦查和审判机构，名为“净化者”，交赋予其史无前历的极高权力，甚至凌于宗教裁判所和圣殿骑士团之上，就连曾经的教皇亲卫队也成为净化者的调查对象。
既然说要铲除真理会，那就必须有一个突破口。首要的调查对象是一位大主教桑德怀斯。当净化者将圣德怀斯逮捕的时候，在他家中搜查出一大批关于堕天使首领路西法的书籍，尽管桑德怀斯一再申辨，称这些书籍并不是他的，而是有人故意栽赃放在他家里，但根本没有任何作用。不管他是不是真理会成员，但有一件事却是事实，那就是他是狼人复活项目的负责人。无论狼人还是真理会，都是令人深恶痛绝之物，因此作为狼人复活项目的负责人同时，成为真理会嫌疑人被调查，是对大多数人来说喜闻乐见的事。因此，桑德怀斯，这位为中央教庭奉献了一生的大主教，成为第一个被送上断头台的真理会匪徒。
随后，以桑德怀斯为中心，净化者展开了蛛网式的扩散型侦查。他们在圣教皇岛上建立大量审问室，每天昼夜不间断地从里面传来惨叫声，其刑讯的粗暴和惨烈程度，令曾经以凶残闻名的宗教裁判所也为之汗颜。宗教裁判所的圣裁官们虽然经常实施酷刑，但他们更重视于证据，酷刑的存在只是采集证据的其中一种方法。但净化者完全是一群不知道除酷刑之外审讯方法的门外汉，被抓进审问室的人只有两种下场：要么熬不过严刑打拷打惨死在刑具之下，屈打成招承认自己是真理会。
但不管这些人是死是否，他们是真理会的罪名都会被坐实。不过，若认为只要认罪就能逃过酷刑的话，那就大错特错了，因为认罪的人就被继续刑讯，要求他们供出同伙。很多人急于让自己脱罪，随便编造个借口就把身边的人“供”了出来，当中造成多少错假冤案已无比得知。
四个多月以来，教皇自治领笼罩在一股“神圣恐怖”之中。就算不统计地方教会，光是在圣教皇岛上，共有11万人以真理会嫌疑人的罪名被净化者逮捕，排除掉那些死在审讯室的之外，认罪的人共有4万多人，摧毁被指控为真理会据点共为2千多个，牵涉的人员，从神殿到行政机构再到民间，平民、商人、士兵、教士，甚至连宗教裁判所的圣栽官，圣殿骑士团的正直骑士，都无法幸免。如此硕果累累的“成绩”，令不久之前轰动一时的“树林”间谍网案与之相比，也显得形相见拙。
然而，这里面有多少人是真正的真理会，这个恐怕永远是个谜。
这场被后世称为“神圣恐怖”的大清洗，令教皇自治领内人心惶惶。所有人都在担心下一分钟，净化者会不会破门而入，二话不说将自己和家人带走。因此，千百年来一直都是世俗国家的教民们向往的圣地的圣教皇岛，暴发了罕见的难民潮。每天都有上百艘载满的民众的船只逃离家园，返回他们曾经在世俗国家里的故居。有好几次因为船只超载而发生惨剧，船只刚出海就沉没了，数千人葬身海底。
为防止人口和财富的大量外逃，枢机院命令圣殿骑士团的“奇迹之海”军团封锁圣教皇岛的所