鹰留城外一战，武田、浦野、鹰留长野三家联军大败，浦野重成、浦野重次（浦野重次之弟）、浦野重秀（浦野重成之弟）等人先逃往天神卡躲避，之后逃回本据大户城。而长野业国、长野业茂等人则是先逃往松之泽城，之后逃往箕轮城。只有武田家的穴山信君、武田信友两人在逃亡时遭到浪人和气宗胜率领的部分大森寺守军突袭后被俘，之后两人被押往雉乡城来见朝定。
“我等讨伐反叛的西上野国人众与你们武田家何干？！竟然跑到了你们的领地之外，来与我军交战！”朝定在本丸大广间里看到穴山信君和武田信友二人就气不打一处来。
“就算此刻我等不来，恐怕以后上杉军也会向我们进攻的······”穴山信君和武田信友二人颤抖的说道。
“若不是武田家三番两次袭扰本家边境和调略一向宗或是周边大名对本家刀兵相向，本家会主动攻打武田家吗？”朝定对于这样的回答都有些无语。
鹰留之战结束后的一天，朝定便下令将俘虏的三千余三家联军武士、足轻、杂役等放归故里。三家联军剩余的军势都溃散到吾妻郡和信浓的小县郡、佐久郡，而武田胜赖、板垣信安等仅率百余名武田军逃回了北信浓。
武田胜赖一返回北信浓便亲自前往小诸城的城下町去寻找长坂光坚，打算请他重新担任自己的后见役来辅佐自己。长坂光坚见武田胜赖如此放低姿态前来请自己重新担任后见役便给武田胜赖一个面子，并且向他献计——即可将西上野残余武田军撤回小县郡和佐久郡，将夺取的吾妻郡西部全部让出。
武田胜赖并不能明白为何要将吾妻郡西部让出去，明明还能继续坚守，更何况那里还有才控制不久的本白银山在，若是撤军的话本白银山就会归上杉家所有。长坂光坚见武田胜赖还是执迷不悟，就向他撂下一句话：“非天命有所归，非人力所能争。”
武田信玄得知鹰留城外武田军大败而归后立即放弃了对北信浓的攻略，他立即令武田胜赖以及板垣信安等将将西上野的武田军残部撤回小县郡和佐久郡，同时置信加贺国的净土真宗，希望净土真宗能够在越中、能登两国内发动大规模的一向一揆。
九月五日，西吾妻郡内的西洼城、三原城、长野原城、柳泽城、小仓城、羽尾城等十多座城池被上杉家招降，原先被武田军占据的西吾妻郡全部归上杉家所有。
武田家中有不少家臣认为武田胜赖、浦野重成、长野业国等人的战败是在于他们没有听从长坂光坚的意见。对于长坂光坚的建议，山本勘助倒是颇有微词，他认为：长坂光坚的建议是很好的，但是却无法具体实施。如果在武田胜赖等人率军绕道北上之时，后闲城、高田城、箕轮城等重镇一旦被上杉军攻破，那么武田军就会立即陷入被动而上杉军则可全力相击。山本勘助觉得在当时的情况下，可以针对藤原朝定和上杉谦信的布兵来制定策略：一部分武田军绕道北上，击溃部分守备东吾妻郡和利根郡的上杉军后并抄掉谦信所部的粮道和切断其退路；另一部分武田军则是继续与上杉军对峙，备而不战，使得上杉军无法尽全力攻打后闲家、高田家、浦野家、鹰留长野家等倒向武田家的西上野国人众，这样也许更为妥当一些。
不过，话说回来，武田胜赖全军决战的策略虽然不是万全之策，但也并不为错。武田胜赖的失误就在于决战时轻敌散漫，将战力本就不高的浦野军和鹰留长野军布置在武田军的最前沿，使得上杉军有机可乘，以致最终大败而归。
鹰留长野家家臣里见河内见上杉军大胜后自知无力继续坚守里见城便放弃城池逃往箕轮城。随后，上杉军便不费吹灰之力获得了鹰留城和里见城两座坚城。而长野业通在箕轮城内得知鹰留之战上杉军大胜的消息差点就晕了过去，随后便心灰意冷的对长野业国、长野业连、长野业茂等人说道：“大势已去，我等原先所依赖的是武田家，如今武田军大败而归，即使我等侥幸突出重围离开箕轮城，也无法东山再起的希望了！”
“兄长大人为何此时不让宪政公出面调停？向上杉谦信和藤原朝定说明我等是被迫举兵的。”长野业国随即想到了还软禁在箕轮城内的上杉宪政。
“若是他知道了鹰留之战我方惨败的消息，肯定不会出面调停的。”长野业通摇了摇头道。
“主公，如今已经大势已去，还不如主动向上杉谦信投降，她对待主动降服的人要比藤原朝定好得多。”利根木昌安随即向长野业通进言道。
“也只有如此了，上原、菅野等人就随他们去吧，我等顾不上他们了。”长野业通觉得目前的鹰留长野家已经没有回天之力，只好向上杉家投降了。
九月六日，长野业通身着素衣，带着其弟长野业国、长野胜业和其子长野业连、长野业茂还有家臣利根木昌安、蟹谷直光、里见河内等二十余人到总社城外向谦信投降。谦信此时得知了加贺的净土真宗准备出兵能登和越中两国，便按礼节接受了他们的投降。之后，谦信便派出一部分军势先行进入箕轮城，分别把守城池各地和城下町，禁止骚扰抢掠。至此，所有被长野业通占领的地方全都被上杉军平定了。
而上原兵库、上原左卫门、菅野宪纲、菅野信方等人见鹰留长野家投降后气急败坏的将上杉宪政杀害，随即逃出箕轮城准备投奔