“启禀指挥使，大炮转过来了！”这时，一名明军跑过来，抱拳禀报道。
于佑明闻语，当即转过身来，挥手道：“那还等什么，叫炮队上来，给本将狠狠的打！”
三座炮台上，明军花费大力气，将这些大炮的炮口转过来，对准了港口内的荷兰战船。
在东印度公司的人于主堡内商议之时，忽然一阵炮声便传了过来。
炮台上的火炮，原本是用来守卫港口，抵御从海面上的战船攻击海港，现在却成了港内荷兰战船的恶梦。
这简直就是旅顺之战，窝在旅顺港内沙俄海军覆灭的翻版，或者说是威海卫北洋水师的遭遇。
山顶上，明军炮队士卒，操纵着火炮队港内轰击，一时间，炮台上烟雾弥漫。
港内的荷兰战船，见炮台上冒出一股白烟，甲板上的水手顿时惊慌的跑动起来，他们只听见如雷的轰鸣声入耳，紧接着一枚十多斤的铁弹便嘭的一声落入百步外的海面，溅起三丈多高的水柱。
此时荷兰人的船只，在港内开始运动起来，躲避炮击，战船侧舷的炮窗被打开，火炮伸出来，一门门的后退，引得船体和海面震动，回击炮台。
一时间，船只侧面烟雾弥漫，一道道的水柱在海面升起，溅起的水花飞上半空，落下时如同倾盆大雨一样，淋湿了甲板和上面的水手。
炮台毕竟是砖石垒砌，船只是木头所做，一艘荷夷战船在水柱中穿梭，先是被一炮砸断了主桅，速度慢下来之后，又连中几弹，最后瘫痪在海面上。
几艘荷夷战船，想要离开港口，但是外面的明军炮船，却一字排开，一顿炮击将荷兰人赶了回来。
这场炮战持续了大约一个时辰，随着天色暗下来，而暂时停歇。
荷兰人被的船只被击伤八艘，其中一艘瘫痪，已经不能修复，但是并未有船只沉没。
这是因为木制的战船，很难被实心弹破坏海面下的船体，所以极少沉没，一般最后还是靠接舷战和撞击战术来解决。
随着明军占据炮台，港内荷兰战船的覆灭，在所难免，为了避免损失，荷兰舰队司令考乌，按着莫斯契尔的要求，连夜从港口突围。
不过荷兰的动向，立刻被监视的明军发现，发炮轰击海港出口，荷兰人冒着炮火冲出港内，与外面监视的明军战船激战后向东驶向巴达维亚，但是炮声提醒了马六甲以东三十里外泊船的明军水师，他们在港口二十里外的地方拦住了荷夷舰队。
双方一场大战，一艘荷夷战船从战场边缘冲破阻拦前往巴达维亚，三艘荷兰战船沉默，四艘被明军俘获，剩下的只能退回港内。
明军方面也有一艘三桅炮船因为撞击沉没，另外还损失了五艘大福船。
此后几日之内，荷兰人数次偿失出港，但都被明阻拦，只有几艘逃向了印度方向，大部分都困在港内。
共治六年正月初五，明军水师为了防止荷兰战船继续逃脱，在炮台火力的掩护下，冲入港口，便在航道上自沉了四艘大船，将航道堵塞大半，使得荷兰船只逃脱的可能大大降低，马六甲的荷兰人，开始逐渐绝望。
此时在荷兰人的主堡下面，与之前相比，已经完全变样，一道道深壕交错，土墙拔地而起，土城前方是三道壕沟，作为围困主堡的屏障，由明军各部轮流困守。
这些工事如果再加上一些木桩和铁丝网，几乎就成了第一次世界大战的西线战场。
土城上飘动着各种旗帜，许多明军士卒在弯弯曲曲的壕沟间走动，明军按着之前攻打炮台的经验，将炮架在了堡垒下，同上面的荷兰人对轰。
棱堡伸出的尖角，已经轰垮了一角，不过明军并未强攻，因为这堡垒有三层墙，就算第一层垮了，后面还有完善的防御体系，进攻死伤必然惨重。
明军反正不打算从马六甲撤走，将要长期占据此地，那边用锁城法将荷夷困着，然后大军一边建设马六甲，一边等待荷夷绝望投降。